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各学科对疾病的诊治和临床研究均已形成自己的特色。
传染病科以感染性疾病的临床和实验室诊断、抗生素应用及各类病毒性肝炎的诊治见长。该科设有传染病研究所及卫生部传染病重点实验室，承担部、省级重大课题。
肝胆外科在肝癌、胰腺癌的手术切除、冷冻等的综合治疗、脉高压症、急性出血坏死性胰腺炎的综合治疗方面处国内领先水平。自1993年成功地开展高难度肝脏移植手术后，现肝移植技术名列全国前茅，1994年又开展省首例胰肾联合移植手术，至今已完成6例，接受手术的患者存活时间之长保持亚洲最佳纪录，该项目获国家科技进步二等奖及省科技进步一等奖，肝肾联合移植获省科技进步一等奖。
胃肠乳房外科在消化道肿瘤及乳房癌等手术有很强实力，血管外科在血管腔内手术、布--加氏综合症、TIPSS手术、周边血管外科等方面有很高水平。
血液病科采用综合治疗方法，治疗各类白血病达到国内领先水平， 1995年开展亲缘异基因骨髓移植、造血干细胞移植获成功，1998年11月开展省首例非亲缘骨髓移植获成功，非亲缘异基因骨髓移植水平处国际水平。
心内科在本省率先开展介入性心脏疾病诊断和治疗，在射频消融术治疗心律失常方面疗效显著，达到国内先进水平，在动脉粥样硬化、冠心病的诊治等方面有独到之处；
心胸外科擅长心脏瓣膜置换、肺疾病的诊治，体外循环心脏直视手术成功率高，达到国内先进水平，近年来开展了多种心脏病的微创手术，1999年4月成功地开展心脏移植手术，"换心"手术时间全国最短，2000年4月又成功开展了心肺联合移植，成活时间、生活质量为国内之最。
泌尿外科在国内率先开展肾部分切除、前列腺冷冻术、第十肋间胸膜外联合切口手术，在泌尿系肿瘤的诊治、男性学临床研究、尿路结石的体外碎石等治疗方面有独到的经验。
肾移植血液透析中心，自1977年开展肾脏移植以来，至今共完成肾移植1000余例，肾脏移植获省科技进步一等奖（1998年）。
消化内科擅长内窥镜诊治消化系统疾病、胃癌早期诊断等。内分泌科擅长糖尿病、甲亢及各类疑难疾病的诊治。
肛肠外科在直肠癌复发手术治疗、造瘘术的应用、内外痔等诊治方面成绩显著。
血管外科主要从事血管外科常见病、多发病和疑难疾病的诊治。
呼吸科是浙江省最早的呼吸内科专业病房，设备先进、技术精湛，在临床工作及科研方面具有雄厚的实力。
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